Ventilačné systémy v boxových nákladňach sú extrémne dôležité pre vzdušnú hygienu v priestore pre náklad. Obsahujú vzduchovodné kanále, ventilátory a ohrievače, ktoré umožňujú lepšiu cirkuláciu a ventilačný systém. Napríklad na stranách a na streche autobusu sú otvory, ktoré umožňujú príliv čerstvého vzduchu a odchod starého vzduchu z autobusu. Ventilátory zabezpečujú rovnomerné rozdelenie vzduchu, aby všetky časti mali rovnakú úroveň vzduchu. Navyše, niektoré majú klimatizačné systémy, ktoré sa používajú na reguláciu teploty a bodu rosa. S niektorými druhami citlivých tovarov, ako sú elektronika alebo určité typy potravín, môže vlhký vzduch veľmi poškodiť produkt. Riadenie vzduchu môže byť namierené aj na ďalšiu čisteniu nežiaducich pevných látok a zápachov. Ventilácia tiež zabezpečuje, že zabráni rastu pliesnia a bakterií, ktoré škodia tovarom a tiež vnútornému prostrediu autobusu.